> Sería muy sencillo hacer un pdf por cada capitulo y pegarlos todos juntos 
> al final, pero daría problemas con el paginado y no es tan recomendable

Si se hace bien y con los métodos adecuado, ninguno.
Aquí explico cómo hice un libro concreto, con archivos
completamente separados que luego uní con una herramienta
de PDF:

https://www.fundeu.es/noticia/como-se-produjo-el-manual-de-espanol-urgente/

Uso un paquete mío:

https://www.ctan.org/pkg/subdocs

Chao
Javier

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