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Mon, 6 Sep 2021 12:12:53 +0200
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We have 1 open PhD position in Bioinformatics at BIFI (University of 
Zaragoza, Spain).
Contact: Prof. Javier Sancho Sanz ([log in para visualizar]).
For more information read below.

maria carmen morón lafuente

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CONTRATO TESIS DOCTORAL BIOINFORMATICA

Se oferta Contrato para realización Tésis Doctoral en Bioinformática.
Fecha anuncio: sep 2021
Contacto: Javier Sancho Sanz (BIFI, Universidad de Zaragoza), 
[log in para visualizar]

Título del Proyecto: Comprensión cuantitativa de estabilidad de 
proteínas por modelado y simulación, y aplicación a la interpretación 
cinética y termodinámica de variantes en un solo aminoácido.
PID2019-107293GB-I00
IP: Javier Sancho

Actividades de Investigación que realizará el contratado en el Proyecto: 
El proyecto tiene dos objetivos generales:

1-Comprender cuantitativamente la energética de las proteínas a partir 
de simulaciones de Dinámica Molecular.

2-Desarrollar y aplicar herramientas computacionales de interpretación 
genética precisa que permitan anticipar el efecto de variaciones 
genéticas de un solo nucleótido en la estabilidad y función de la 
proteína afectada.

La persona contratada se centrará en el segundo objetivo. Sus 
actividades de investigación consistirán en el desarrollo de nuevas 
herramientas de interpretación genética para contribuir a la 
personalización de la medicina y en su aplicación a enfermedades 
relacionadas con proteínas que portan variantes patogénicas. 
Concretamente:

a-desarrollará técnicas de simulación de proteínas por Dinámica 
molecular con resolución atómica destinadas a calcular si una variante 
genética de lugar a una proteína inestable en la que se pierde la 
función biológica.  Las técnicas se basarán en el trabajo previo del 
grupo descrito en: Molecular dynamics simulations for genetic 
interpretation in protein coding regions: where we are, where to go and 
when. Briefings in Bioinformatics, 22(1), 2021, 3–19. JJ Galano-Frutos, 
H García-Cebollada and J Sancho (doi: 10.1093/bib/bbz146)

b-aplicará dichas técnicas a la interpretación de variantes 
potencialmente patogénicas de varias proteínas de interés biomédico 
como: MecP2 (implicada en síndrome de Rett), MYBPC3 (implicada en 
cardiomiopatía hipertrófica) y CHEK2 (implicada en cáncer de mama 
familiar). El grupo colabora con diversos grupos clínicos en el estudio 
de estas variantes.

Estructura a la que se incorporará: Centro/Departamento/Instituto 
Universitario de Investigación. Salidas Profesionales. La persona 
contratada en el Proyecto se incorporará al Instituto de Biocomputación 
y Física de Sistemas Complejos (BIFI) de la Universidad de Zaragoza.  
Así mismo dispondrá del equipamiento del Departamento de Bioquímica y 
Biología Molecular y Celular de la Facultad de Ciencias. EL BIFI posee 
una gran infraestructura computacional que permite abordar este proyecto 
sin necesidad de adquirir nuevo equipamiento. El IP del proyecto es 
usuario regular de dicha infraestructura, lo que facilitará su 
utilización por parte de quien se incorpore con el nuevo contrato. 
Aunque no se prevé la utilización de estructura biofísica experimental, 
si el análisis de alguna variante proteica lo hiciera necesario, tanto 
el BIFI como el departamento de Bioquímica posee toda la infraestructura 
necesaria para la expresión, purificación y caracterización biofísica de 
variantes.
El proyecto representa una excelente oportunidad para que los jóvenes 
graduados se capaciten en campos emergentes para los que la expectativa 
de crecimiento es muy alta, por ejemplo en interpretación genética 
utilizando herramientas bioinformáticas en el contexto de la Medicina de 
Precisión o en ingeniería y diseño de proteínas para su aplicación en 
Biotecnología y Medicina. Cabe indicar que la empleabilidad de los 
doctores del grupo es excelente. El IP ha dirigido desde la creación del 
grupo en 1996 22 Tesis doctorales. Los 11 doctores y 11 doctoras 
formados en el grupo trabajan en Empresas (bio)tecnológicas, Centros de 
I+D o cuerpos científico-técnicos de la administración. De los 10 
estudiantes de doctorado que defendieron su Tesis en los últimos 10 
años, 5 trabajan en centros de investigación nacionales o extranjeros, 4 
trabajan en departamentos de I+D+i de empresas de Biotecnología o TICs, 
y 1 pertenece al cuerpo técnico del Instituto Nacional de Toxicología. 
El grupo dispone de una amplia red de colaboraciones y, en la actualidad 
participa en 3 proyectos europeos (liderando 2 de ellos). La persona 
contratada tendrá, por tanto, oportunidad de interactuar y visitar 
laboratorios y centros de computación nacionales e internacionales y una 
excelente perspectiva de empleo relacionada con la formación que 
recibirá durante la realización de su Tesis Doctoral.

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